基础医学研究医学基础，比如解剖、生理、生化、微生物等等，临床医学就是我们去医院看见的那些门诊，内外科、五官科、眼科、皮肤科等等。
1、专业学习的侧重点不同
基础医学研究医学基础学科，如解剖、生理、生化、微生物等等学术性内容，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科等等临床应用学科的内容，学习的课程涵盖几乎所有的医学课程，就是两个医学专业都需要学习基础+临床课程，只是重点侧向部分课程；同时，临床医学专业还有一年的临床实习期，这是基础医学没有的。
2、专业大方向和要求不同
基础医学主要是偏向理论学习和理论研究，其临床医学则更具实践性。学习基础医学需要学生识记和掌握很多的理论知识，同时要参与很多的理论实验，最终能验证某个医学理论或发展与创新某个医学理论，因而学习基础医学的学生要有学术潜质；而临床医学则要求学生胆大心细，直接面对病人，在学习理论知识的基础上应对各种突发情况、判断和处理各种疑难杂症。
3、专业培养目标不同
基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
临床医学专业本培养德、智、体、美全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握基础医学和 临床医学基础理论、基本知识和基本技能，具备常见病、多发病诊治和预防能力，以及危、 急、重症的初步判断和处理能力，从事基层医疗卫生服务工作的高素质实用型医学专门人才。
相比较的情况下，一般临床医学会更受欢迎一些，尤其是在众多高校中选择该专业的比例比起基础医学专业的数量要高出很多，虽然说两者都属于医学类的专业，但发展方向都还是有着些许的区别。
故如果以就业机会和热门程度上来说临床医学会更好一些;基础医学相对来说热门程度就会差一些，但具体还是需要根据选择该专业的学生个人能力、发展方向、学历以及学校实力作为依据的。所以说没有哪个专业绝对比另一个专业好，专业是固定的，但是具体的发展还是依据学生的个人情况。
