治疗结肠炎可以选择氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等，或者是肠道微生态制剂如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、酪酸菌等，或者是谷参胶囊进行治疗。腹痛的患者可以选择抗胆碱能药物，如654-2、阿托品等作为短期缓解腹痛的治疗，如果是反复出现的腹痛，可以选择肠道钙通道阻滞剂，如匹维溴铵等进行治疗。如果是急性细菌性的结肠炎，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗。结核杆菌导致的结肠炎，可以选择抗结核药物，疗程需要半年到九个月。

　　溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，可以选择氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等进行治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。