恒河水以前干净，现在不干净。曾经恒河水流湍急可以与空气充分接触，疟原虫一类的厌氧微生物生物很难存活于恒河水中。后来因为工业污染和印度的传统习惯，恒河水源已经被污染的差不多了。世界银行估计印度水污染造成的保健费用约占国内生产总值的3%。报告指出印度八成的疾病及三分之一的死因与水传疾病有关。现在的恒河是世界上污染最严重的河流之一。